今から約７００年前の南北朝時代の動乱期（1336〜）には、この美濃の地でも青野ヶ原（現在の大垣市）の戦いなどの幾多の兵乱が続きました。 北朝方の高師直の先陣で美濃国の守護である土岐頼遠は、南朝方の北畠顕家率いる大軍勢を美濃で迎え撃ちましたが数において勝る敵を相手に苦戦を強いられ敗れました。 当山はその戦乱の際、結城入道友定の放つ兵火にかかって全山焼失してしまいました。 正平年間（1346〜1370）に尾張津島の領主大内左衛門之尉義景をはじめとする信徒郷士らが此の名刹行基寺の焼失を惜しんで、再び此の臥龍山の地に伽藍を建造したと伝えられています。

今から約３００年前、東山天皇の元禄年間（１６８８〜：徳川綱吉の頃）、尾州大納言徳川光友公の子（徳川家康公の嫡孫）松平摂津守源義行公が当地高須藩（現在の海津市高須町）に藩主として入封しました。 元禄１５年義行公は西山の極楽と称えるこの霊場を松平家の菩提寺として境内及び全伽藍を改築、城郭に擬して再興しました。 改築工事は宝永６年（１７０９年）に成就し、菩提院臥龍山行基寺は高須藩の隠れ城としての役割を果たすようになりました。 明治維新に至る２００年の間は一般庶民の登山参詣は禁止されておりました。高須藩松平家歴代藩主のうち９人のお墓が建てられています。

高須藩主歴代墓(岐阜県指定史跡)

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浄土宗臥龍山行基寺　　　　岐阜県海津市南濃町上野河戸１０２４−１